引起卵巢囊肿的原因主要有：下丘脑-垂体-卵巢轴功能异常，临床上很多患者和多囊卵巢综合征患者的基本病理生理改变是卵巢产生过多雄激素而雄激素的过量产生是由于体内多种内分泌系统功能异常协同作用的结果。体腔上皮反复受经血激素或慢性炎症的刺激可以化生为子宫内膜样组织形成子宫内膜异位症，80%的子宫内膜异位症发生在卵巢与卵巢生发上皮的化生潜能有关。
由于肿瘤本身的重量以及受肠蠕动及体位变动的影响，使肿瘤在盆腔内移动牵扯其蒂及骨盆漏斗韧带，以致患者有下腹或骼窝部充胀下坠感。有的卵巢囊肿使盆腔的血管分布改变，引起子宫内膜充血，或由于卵巢恶性肿瘤直接转移至子宫内膜所发生的月经紊乱，常合并其他分泌影响。
患者觉察自己的衣服或腰带显得紧小，方才注意到腹部增大，或在晨间偶然感觉因而自己按腹部而发现腹内有肿物加之腹胀不适。巨大的卵巢肿瘤可因压迫横膈而引起呼吸困难、心悸。
卵巢囊肿患者突然感觉腹痛，发生者多系瘤蒂发生扭转或为囊肿破裂出血或感染所致，此外恶性囊肿多引起腹痛、腿痛、疼痛，往往使患者以急症就诊
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